但剧中其实也有相当程度的漏洞，比如：

1.在发现八局有内奸后，谭忠恕一开始便将注意力集中在了李伯涵和刘新杰身上。对齐佩林与孙大浦的信任显得有些盲目。尤其是孙大浦与沈铭峰存在特殊关系，竟然仍获得了谭忠恕的无条件信任。
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回：这属于一种“嗅觉”，李伯涵不也是目标极其明确地直接怀疑了刘新杰么。剧中还有一个解释，就是谭忠恕非常害怕刘新杰和李伯涵是卧底，所以先排查他们俩，能确定他俩不是卧底，谭忠恕就放心了。

2.毕玉海暴露后无法逃出上海，原因是八局通过目击者掌握了其画像，在港口码头等地严查。但相反，马蔚然却顺利的逃出了上海。马蔚然做为八局的医务处长，八局掌握他的可不止画像这么简单。
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回：毕玉海是处于敌人严密监视下，出口已经封锁，而马蔚然属于出其不意，他都逃了，之后才被通缉。

3.周汉亭在暴露后不及时撤出上海，是为了不让敌人发觉自己已经知道自己暴露，以保护031.但在后来知道敌人已经发现这一点的情况下，周汉亭仍然不撤离，而是改头换面。这一点让人费解。至于在边日南暴露后，仍然让周汉亭接班军师，这就更是失策了，片中边日南的解释恐怕很无力。
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回：周汉亭暴露后，也是因封锁严密而暂时潜伏下来，原计划是处于休眠状态，不工作就不会暴露。至于边日南暴露后仍让周汉亭做军师，剧中解释是再无合适人选，万般无奈。这真是失策，水手当时也表示了这样是危险的，事实也证明了周汉亭接手军师后很快就暴露了。

4.最重要的一点在于结尾水手的诡计。

计划的背景是：水手组织成员相继被捕，水手自己也暴露，李伯涵掌握着木马计划，031无法得到谭忠恕信任。水手掌握了敌人的上层动态，知道第八局即将被裁撤，而李伯涵勾结法务次长欧阳秉耀，欲取代谭忠恕。

计划的目的，就是要使031置诸死地而后生，一举干掉李伯涵，并取得谭忠恕的彻底信任，并借敌人之手除掉木马计划。

但是，这其中充满了不可知的因素。031逃亡，水手组织瓦解。在这个过程中，完全要靠对方内部的自行演化，而我方则完全被动。

计划的成功，取决于谭忠恕一定会东山再起，干掉李伯涵，这也是水手的明确判断。谭忠恕的成功，则得益于齐佩林获得的新地位及其对谭忠恕的义气，及孙大浦的忠诚。但这都是无法预料的。齐佩林获得的新位置一定会在本地吗？树倒猢狲散，齐佩林春风得意，一定会帮助老局长吗？孙大浦不会另谋高就或是远走高飞吗？即便三人仍处于同一阵线，那处于优势的李伯涵一定会失败吗？这都是未可知的。因此，水手设置这一计划，其实并不保险。或者就如他对031所说的，这是拿031的命在赌博，而水手的命只不过是一块敲门砖。而这赌博，赢的机会太小了。
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回：水手赌的是人性，所谓江山易改本性难移，琢磨透了人性，不定因素就变成了必然因素。剧中人物的性格特点很鲜明，齐佩林贪点小钱但讲义气，孙大浦憨直而且更讲义气，而且他们一直都看不上李伯涵。只要这二人不背叛谭忠恕，即使他们没有新的地位，都像谭忠恕一样被免职闲居，他们三个也一样能拿下李伯涵。

总体来说，这仍然是一部优秀的电视剧。不过最后水手计划的实施，只用了一集，太短了，如此精彩的逆转，其实可以用五集左右来叙述。这样才过瘾些。